Od 1994 Galeria znajduje się pod zarządem Urzędu Miejskiego, a od 2005 roku działa pod obecną nazwą: Galeria Miejska BWA w Bydgoszczy. Organizuje ona wystawy sztuki współczesnej zarówno artystów polskich jak i zagranicznych. Galeria Miejska BWA w Bydgoszczy prowadzi comiesięczne spotkania z cyklu Zde/arzenia bydgoskie, gdzie prezentowane są różne formy artystyczne m.in. performance, video art, net art. Zajmuje się także działalnością edukacyjną organizując konferencje i wykłady z historii sztuki. W jej przestrzeniach można podziwiać malarstwo, grafikę, rzeźbę, rysunek, instalacje, performance i sztukę multimedialną.