Projekt Muzeum został zainicjowany w roku 2004, kiedy wykupiono grunty dawnej Fabryki Schindlera na krakowskim Zabłociu i przeznaczono je na siedzibę mającej powstać instytucji. Prace budowlane rozpoczęto w grudniu 2009 roku, budynek oddano natomiast do użytku w listopadzie 2010 roku. Autorem projektu Muzeum Sztuki Współczesnej w Krakowie jest włoski architekt Claudio Nardi. W maju 2011 nastąpi oficjalne otwarcie Muzeum.
Muzeum Sztuki Współczesnej w Krakowie w ramach swojego programu prezentuje międzynarodową sztukę najnowszą, prowadzi działalność edukacyjną, badawczą i wydawniczą. Główne założenia programowe Muzeum to promowanie sztuki dwóch ostatnich dziesięcioleci przedstawionej w kontekście powojennej awangardy oraz konceptualizmu i zaznaczanie związków sztuki z codziennością oraz wskazywanie jej wartości poznawczo-etycznych w celu wyjaśnienia sensu jej tworzenia.
Muzeum to nie tylko przestrzenie wystawiennicze, ale również biblioteka, księgarnia, sale audiowizualne oraz unikatowa w Polsce pracownia konserwatorska sztuki współczesnej.
