Idea utworzenia Muzeum Historycznego Miasta Krakowa pojawiła się już w XIX wieku. Początkiem jego istnienia była decyzja Rady Miasta z dnia 31 maja 1899 roku.   Muzeum nie od razu było samodzielnie działającą instytucją, początkowo funkcjonowało jako oddział Archiwum Aktów Dawnych, dopiero w roku 1945 ogłoszono statut Muzeum, które od tej chwili miało działać jako odrębna, niezależna miejska instytucja. Główny celem działalności Muzeum w nowym, zmienionym kształcie, było gromadzenie i ochrona eksponatów muzealnych związanych z życiem oraz kulturą miasta Krakowa. Od tego momentu Muzeum Historyczne rozszerzało swoją działalność poprzez systematyczne tworzenie nowych oddziałów i organizację wystaw stałych. W bogatych zbiorach muzealnych znajdują się dzieła wywodzące się z różnych dziedzin sztuki- malarstwa, grafiki, rysunku- jak i zabytkowe przedmioty o charakterze użytkowym- broń, zbroje, zabytki cechowe, eksponaty związane z historią teatru, wystroju wnętrz, wyroby złotnicze, judaica itp. Prócz tego w zasobach Muzeum zgromadzono wiele dokumentów, map, przedstawień ikonograficznych miasta, jego mieszkańców oraz ich życia. Działalności wystawienniczej towarzyszą również prace wydawnicze i edukacyjne. Wydawnictwo Muzeum Historycznego Miasta Krakowa drukuje różnego rodzaju albumy, katalogi przygotowywane do poszczególnych wystaw, jak również stałe pozycje takie jak "Krzysztofory. Zeszyty Naukowe Muzeum Historycznego Miasta Krakowa" , "Bibliotekę Krzysztoforską" oraz "Katalog zbiorów MHK". Natomiast w ramach działalności edukacyjnej organizowane są lekcje muzealne, warsztaty  oraz liczne wykłady. Muzeum Historyczne składa się z następujących oddziałów: Pałac Krzysztofory, Stara Synagoga, Fabryka Schindlera, Apteka pod Orłem, Ulica Pomorska, Kamienica Hipolitów, Wieża Ratuszowa, Barbakan, Mury Obronne, Celestat, Dzieje Nowej Huty, Zwierzyniecki Salon Artystyczny oraz Dom pod Krzyżem.