Zasoby muzeum wywodzą się ze zbiorów rodziny Czartoryskich, którzy już w okresie przełomu XVIII i XIX wieku gromadzili  cenne pamiątki i eksponaty związane z polską tradycją narodową, historią i sztuką. W roku 1876 zgromadzone  eksponaty przeniesione zostały do Krakowa  przez księcia Władysława Czartoryskiego, wnuka księżnej Izabeli, który w ten sposób spełnił wolę swojej rodziny. W wyniku powstań narodowych, jak i II wojny światowej kolekcja ta zostało znacznie naruszona i uszczuplona, zaginęło wówczas wiele dzieł. Rok 1949 przyniósł przejęcie zgromadzonych przez rodzinę Czartoryskich zbiorów przez państwo, natomiast już w 1950 r. zostały one włączone w struktury Muzeum Narodowego w Krakowie.  W roku 1991 powołana została Fundacja Książąt Czartoryskich i nastąpiło przekazanie jej bogatych zbiorów narodowi przez założyciela fundacji i prawnego właściciela kolekcji Czartoryskich- księcia Adama Karola Czartoryskiego.  W Muzeum Książąt Czartoryskich znajdują się następujące wystawy stałe: Galeria Malarstwa Zachodnioeuropejskiego, Pamiątki z dziejów Polski od XIV do XVIII wieku i Europejskie Rzemiosło Artystyczne, Zbrojownia i Pamiątki Puławskie oraz Galeria Sztuki Starożytnej.